单细胞的异质性为理解疾病机制和细胞间相互作用提供了新思路。单细胞转录组测序虽然已经改变了我们在单细胞水平探索细胞异质性和遗传变异的能力，但是存在高转录偏倚和样本兼容性差的问题。为此，单细胞核测序应运而生，近年来快速发展为一种替代技术。石蜡样本作为一种主要的长时间样本保存形式，可以称为临床医学和人类样本库“瑰宝”，亟待从单细胞水平进行探索和挖掘。最近针对该类样品的单细胞核基因表达谱工作流程证明了其可行性。本综述一方面介绍了细胞核的制备策略，另一方面总结了适用于石蜡样本的单核测序技术。在此基础上，文章讨论了目前技术的局限性，并提出了潜在的技术发展思路与前景，对相关得生物医学研究具有很好的参考价值。