1. MMTSB    http://mmtsb.org/

2. carma      https://utopia.duth.gr/~glykos/Carma.html

3. Wordom   https://wordom.sourceforge.net/

4. bio3d

5. MMTK    http://dirac.cnrs-orleans.fr/MMTK.html

6. Biskit     http://biskit.pasteur.fr/

7. ProDy     http://prody.csb.pitt.edu/index.html

8. MD-TASK   https://mdmtaskweb.rubi.ru.ac.za/

9. MDTraj   https://www.mdtraj.org/

10. MDAnalysis  https://www.mdanalysis.org/

11. cpptraj     https://github.com/Amber-MD/cpptraj