288375
当前位置: 首页   >  课题组新闻   >  gassian frozen and scan
gassian frozen and scan
发布时间:2019-06-17



%Chk=Ca402-6-17.chk

%NProcShared=40

#P B3LYP 6-31G* SCF(MaxCycle=300)

# Symmetry=None Opt(MaxCyc=300)


Title


-2 1

P       3.811   3.079  -5.773

O       2.555   2.239  -5.627

O       4.050   3.626  -7.139

O       4.065   4.076  -4.659

P       5.890   1.521  -4.441

O       6.117   0.053  -4.614

O       5.274   2.003  -3.169

O       5.036   2.018  -5.714

P       8.421   2.645  -3.740

O       8.243   4.054  -3.252

O       8.658   1.569  -2.735

O       7.254   2.295  -4.764

O       9.679   2.809  -4.698

C      10.143   1.800  -5.587

H      10.981   1.298  -5.151

H       9.359   1.095  -5.767

CA -1   3.936   3.622  -2.334

O  -1   2.752   5.467  -1.569

O  -1   5.433   3.312  -0.270

O  -1   2.822   2.095  -0.617

O  -1   1.474   2.720  -3.278

O  -1   5.958   5.376  -2.609

H       3.361   1.567  -0.023

H       1.864   2.049  -0.565

H       6.388   3.326  -0.363

H       5.037   3.182   0.595

H       1.439   2.057  -3.972

H       0.660   3.072  -2.910

H       3.222   6.240  -1.248

H       1.792   5.457  -1.573

H       6.867   5.072  -2.561

H       5.770   6.306  -2.755

H      10.438   2.248  -6.513



from http://muchong.com/t-8756616-1-pid-4 and gaussian16 manual book (Gaussian 16 Users Reference 09 November 2017) page 249


  1. 通过高斯view找到你要转动的哪个角度,看看是哪几个原子之间的二面角:比如说为第77号21号1号11号的二面角。-161.69311为初始的二面角。
2:那么表投就这样写:#p opt=modredundant B3LYP/6-31g* ...........  

     在输入文件的末尾加上: D 77 21 1 11 -161.69311 S 9 20.0       意思是:D是dihedral 二面角,应该可省略, S为scan扫描,9 为步数。20为步长。也就是说,从-161.69311开始,每隔20度,做一次优化,一共做了9次

3 eg.


%chk=test.chk
%mem=2000MB
%NProcShared=24
#p opt=modredundant B3LYP/6-31g*  

tile

0 1
N              
C                  1    1.42182339
C                  2    1.41187693    1  108.55046268
C                  2    1.39732515    1  131.13987479    3 -177.31353020    0
C                  3    1.39505464    2  120.61294909    1 -179.02190081    0
C                  4    1.39291131    2  118.11991600    1  177.93272519    0
H                  4    1.07960679    2  121.12765296    1   -1.49950297    0
C                  5    1.40063869    3  120.09363495    2    0.72771633    0
H                  5    1.08632591    3  119.86964238    2 -177.99781868    0
H                  6    1.08620200    4  118.36116394    2 -178.30693988    0
C                  1    1.42316809    2  107.95367792    4 -177.66632680    0
C                 11    1.39773374    1  130.75238984    2 -177.47912075    0
C                 11    1.41348402    1  108.39791969    2   -0.19859891    0
C                 12    1.39550606   11  117.90611901    1  177.85827315    0
H                 12    1.07945426   11  121.03899554    1   -2.24183509    0
C                 13    1.39734584   11  120.34077346    1 -178.71538008    0
C                 16    1.39171268   13  119.05405080   11    0.49609107    0
H                 14    1.08665134   12  118.71639877   11  179.89565304    0
H                 16    1.08667774   13  120.25920879   11 -179.95716843    0
H                 17    1.08635764   16  119.96701143   13 -179.99164538    0
C                  1    1.38859868    2  125.95852057    4    2.58039812    0
C                 21    2.26466521    1  149.95522655    2 -161.70024141    0
C                 21    2.26474372    1  149.87452673    2   18.33190511    0
C                  8    1.48517534    5  121.10278398    3 -179.81249205    0
C                 24    1.40065804    8  120.85847741    5  141.90910954    0
C                 24    1.41480731    8  120.53264236    5  -37.75523727    0
C                 25    1.39715394   24  120.16878268    8  179.96330807    0
H                 25    1.08649711   24  119.81771191    8   -1.94007934    0
C                 26    1.39075858   24  122.43301328    8  179.92197397    0
H                 26    1.08612543   24  118.84637431    8   -1.61353609    0
C                 29    1.39715482   26  117.95828052   24    0.37693719    0
H                 29    1.08496473   26  120.66445278   24 -179.98606977    0
N                 31    1.39852652   29  129.81601119   26 -178.84668073    0
C                 33    1.40043451   31  108.29932110   29  178.04834231    0
C                 34    1.41837810   33  108.97988675   31    0.06005001    0
C                 34    1.39753910   33  129.41959510   31  178.30250415    0
C                 35    1.39966721   34  119.52663070   33  179.40243178    0
C                 36    1.39330735   34  117.71693790   33 -179.00524758    0
H                 36    1.08495400   34  121.27112064   33    0.68667418    0
C                 37    1.39184035   35  119.16190218   34   -0.31417692    0
H                 37    1.08693310   35  120.33926028   34  179.92154911    0
H                 38    1.08669867   36  119.07709229   34 -179.89813070    0
H                 40    1.08627549   37  119.84319096   35  179.89500738    0
C                 33    1.42121087   31  125.82842355   29   -1.40761080    0
C                 44    1.40076718   33  120.11550497   31  123.98160334    0
C                 44    1.40069693   33  120.10836674   31  -55.98314800    0
C                 45    1.39461717   44  119.92600860   33  179.56884420    0
H                 45    1.08552833   44  119.41365541   33   -1.08442949    0
C                 46    1.39473885   44  119.92014470   33  179.47035114    0
H                 46    1.08555961   44  119.41460171   33   -1.24143809    0
C                 49    1.39622804   46  120.35207466   44    0.96911948    0
H                 47    1.08657783   45  119.50691503   44 -179.90195456    0
H                 49    1.08656821   46  119.50280175   44 -179.88839640    0
H                 51    1.08631380   49  120.16536404   46  179.51704600    0
C                 22    1.48262325   21  149.97021600    1    1.13350816    0
C                 55    1.40365757   22  120.23797060   21 -172.11281891    0
C                 55    1.40404417   22  120.50921697   21    8.02845219    0
C                 56    1.39264233   55  120.29346431   22  179.69062639    0
H                 56    1.08404915   55  118.85278810   22    0.02044172    0
C                 57    1.39267236   55  120.27967616   22 -179.95674400    0
H                 57    1.08429200   55  119.07035143   22    0.86101545    0
C                 58    1.39706375   56  120.15478512   55    0.36554585    0
H                 58    1.08661813   56  119.76156474   55 -179.64086211    0
H                 60    1.08659700   57  119.75001694   55 -179.68066487    0
H                 62    1.08685556   58  120.07824147   56  179.85561201    0
C                 23    1.48260564   21  149.98066130    1    1.08627660    0
C                 66    1.40401950   23  120.50953694   21    7.79234781    0
C                 66    1.40366355   23  120.23619696   21 -172.37015748    0
C                 67    1.39268231   66  120.28010860   23 -179.98970523    0
H                 67    1.08427907   66  119.07167858   23    0.83730467    0
C                 68    1.39264933   66  120.29049493   23  179.74289390    0
H                 68    1.08405171   66  118.85235902   23    0.07710336    0
C                 71    1.39704887   68  120.15691393   66    0.33777514    0
H                 69    1.08658976   67  119.75229600   66 -179.68664096    0
H                 71    1.08661910   68  119.76094706   66 -179.65183209    0
H                 73    1.08684794   71  120.07648837   68  179.87316490    0
N                 21    1.33969060    1  117.52172574    2   18.01645212    0
N                 21    1.33960525    1  117.59853917    2 -161.95558389    0
N                 22    1.34186134   21   92.14009672    1 -179.96112094    0

D 77 21 1 11 -161.69311 S 9 20.0


Geometry Specification & Modification Options

ModRedundant

Except for any case when it is combined with the GIC option (see below), the ModRedundant option

will add, delete, or modify redundant internal coordinate definitions (including scan and constraint infor-

mation) before performing the calculation. This option requires a separate input section following the

geometry specification. AddRedundant is synonymous with ModRedundant.

This option may be used for job types other than optimizations. It may also be combined with NGeom,

Check or AllCheck to retrieve and modify an internal coordinate definition from a checkpoint file.

When used with Check, or NGeom, two input sections will be read: the first contains the charge and multi-

plicity, and the second contains alterations to the retrieved internal coordinate definition. When combined

with the AllCheck option, only the internal coordinate definition modifications input is needed.

Lines in a ModRedundant input section use the following syntax:

 [Type] N1 [N2 [N3 [N4]]] [A | F]

 [Type] N1 [N2 [N3 [N4]]] B

 [Type] N1 [N2 [N3 [N4]]] K | R

 [Type] N1 [N2 [N3 [N4]]] D

 [Type] N1 [N2 [N3 [N4]]] H diag-elem

 [Type] N1 [N2 [N3 [N4]]] S nsteps stepsize

N1, N2, N3, and N4 are atom numbers or wildcards (discussed below). Atom numbering begins at 1, and

any dummy atoms are not counted.

The atom numbers are followed by a one-character code letter indicating the coordinate modification

to be performed; the action code is sometimes followed by additional required parameters as indicated

above. If no action code is included, the default action is to add the specified coordinate. These are the

available action codes:

A Activate the coordinate for optimization if it has been frozen.

F Freeze the coordinate in the optimization.

B Add the coordinate and build all related coordinates.

K Remove the coordinate and kill all related coordinates containing this coordinate.

R Remove the coordinate from the definition list (but not the related coordinates).

D Calculate numerical second derivatives for the row and column of the initial Hessian for

this coordinate.

H Change the diagonal element for this coordinate in the initial Hessian to diag-elem.

S Perform a relaxed potential energy surface scan. Increment the coordinate by stepsize a

total of nsteps times, performing an optimization from each resulting starting geometry.

An asterisk (*) in the place of an atom number indicates a wildcard. Here are some examples of wildcard

use:

* All atoms specified by Cartesian coordinates.

* * All defined bonds.

3 * All defined bonds with atom 3.

* * * All defined valence angles.

* 4 * All defined valence angles around atom 4.

* * * * All defined dihedral angles.

* 3 4 * All defined dihedral angles around the bond connecting atoms 3 and 4.

By default, the coordinate type is determined from the number of atoms specified: Cartesian coordi-

nates for 1 atom, bond stretch for 2 atoms, valence angle for 3 atoms, and dihedral angle for 4 atoms.


Optionally, type can be used to designate these and additional coordinate types:

 X Cartesian coordinates.

 B Bond length.

 A Valence angle.

 D Dihedral angle.

 L Linear bend specified by three atoms (if N4 is -1) or by four atoms, where the fourth atom is used to determine the 2 orthogonal directions of the linear bend.

See the examples under the Opt keyword for illustrations of the use of ModRedundant.


EG.


# HF/6-31G(d) Opt=ModRedun Test

Opt job

0,1

C1 0.000 0.000 0.000

C2 0.000 0.000 1.505

O3 1.047 0.000 -0.651

H4 -1.000 -0.006 -0.484

H5 -0.735 0.755 1.898

H6 -0.295 -1.024 1.866

O7 1.242 0.364 2.065

H8 1.938 -0.001 1.499


3 8 Adds hydrogen bond (but not angles or dihedrals).

2 1 3 Adds C-C-O angle.