张艳菊 - 桂林电子科技大学 - 计算机与信息安全学院

个人简介

个人简介张艳菊，博士，研究员。2003-2005年在德国德累斯顿工业大学取得分子生物工程硕士学位；2006-2011年在荷兰莱顿大学高级计算机学院图像和生物信息组获得博士学位；之后在莱顿大学医学中心从事博士后以及研究员的工作，主要研究方向为生物信息学。以第一完成人或主要参与者的身份完成了多项荷兰国家级科研项目。涉及的研究方向有微小RNA靶点的预测、高通量测序技术算法的开发、基于基因芯片的基因表达分析以及DNA甲基化数据的分析等。2015年作为海外高层次引进人才就职于桂林电子科技大学计算机科学与工程学院。在国际著名期刊发表多篇论文，其中以第一作者发表了7篇科研论文，其中最高影响因子为6.3；以合作作者发表了7篇论文，最高影响因子为10.7。于2010年获得欧洲科学基金“功能基因组学研究前沿(FFG)”的奖励。2015年广西壮族自治区“百人计划”海外高层次引进人才。2016年获得正高级研究员职称。领导独立科研课题小组，实验室面积40m2，目前主持国家级项目一项，自治区项目多项，并指导研究生5名，其中1人已获学位。主要研究方向：高通量基因测序技术算法开发机器学习和数据挖掘算法的研究使用机器学习进行生物模式挖掘高效算法软件的研发异构数据整合以及数据压缩算法的研究利用生物信息学方法解释生物表现类型的多样性，以及引起病理变化的原因主要荣誉 2010年获得欧洲科学基金“功能基因组学研究前沿(FFG)”的奖励。 2015年广西壮族自治区“百人计划”海外高层次引进人才。 2016年获得正高级研究员职称。

研究领域

研究领域：生物信息、数据挖掘、机器学习、高效算法软件的研发

近期论文

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YanjuZhang,RuopengXie,JiaweiWang,AndréLeier,TatianaTMarquez-Lago,TatsuyaAkutsu,GeoffreyIWebb,Kuo-ChenChou,JiangningSong;Computationalanalysisandpredictionoflysinemalonylationsitesbyexploitinginformativefeaturesinanintegrativemachine-learningframework,BriefingsinBioinformatics,bby079,Aug2018,https://doi.org/10.1093/bib/bby079 YanjuZhang,Eric-WubboLameijer,PeterA.C.'tHoen,ZeminNing,P.ElineSlagboom,KaiYe:PASSion:apatterngrowthalgorithm-basedpipelineforsplicejunctiondetectioninpaired-endRNA-Seqdata.Bioinformatics28(4):479-486(2012). YanjuZhang,EliaStupka,ChristiaanV.Henkel,HansJ.Jansen,HermanP.SpainkandFonsJ.Verbeek.Identi？cationofCommonCarpInnateImmuneGeneswithWhole-GenomeSequencingandRNA-SeqData.JournalofIntegrativeBioinformatics,8(2):169,2011.OnlineJournal:http://journal.imbio.de/index.php?paperid=169. YanjuZhangandFonsJ.Verbeek.ComparisonandIntegrationofTargetPredictionAlgorithmsformicroRNAStudies.JournalofIntegrativeBioinformatics,7(3):127,2010.OnlineJournal:http://journal.imbio.de/index.php?paperid=127. YanjuZhang,JoostM.Woltering,FonsJ.Verbeek.ScreenofmicroRNAtargetsinzebra？shusingheterogeneousdatasources:acasestudyfordre-miR-10anddre-miR-196.InternationalJournalofMathematical,PhysicalandEngineeringSciences,Vol.2(1),10-17,2007. JiaweiWang,BingjiaoYang,AndréLeier,TatianaTMarquez-Lago,MorihiroHayashida,AndreaRocker,YanjuZhang,TatsuyaAkutsu,Kuo-ChenChou,RichardAStrugnell,JiangningSong,TrevorLithgow;Bastion6:abioinformaticsapproachforaccuratepredictionoftypeVIsecretedeffectors,Bioinformatics,Volume34,Issue15,1August2018,Pages2546–2555,https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty155 ShengtaoXu，GuangyuWang，YanLin，YanjuZhang，LinglingPei，HongYao，MeiHu，YangyiQiu，ZhangjianHuang，YihuaZhang，JinyiXu.Novelanticanceroridoninderivativespossessingadiazen-1-ium-1,2-diolatenitricoxidedonormoiety:Design,synthesis,biologicalevaluationandnitricoxidereleasestudies.Bioorganic&MedicinalChemistryLetters,2016/4/24. TobiEW,GoemanJJ,MonajemiR,GuH,PutterH,ZhangY,SliekerRC,StokAP,ThijssenPE,MüllerF,vanZwetEW,BockC,MeissnerA,LumeyLH,ElineSlagboomP,HeijmansBT.DNAmethylationsignatureslinkprenatalfamineexposuretogrowthandmetabolism.NatCommun.2014Nov26;5:5592.doi:10.1038/ncomms6592. KaiYe,MarianBeekman,Eric-WubboLameijer,YanjuZhang,MatthijsH.Moed,ErikB.vandenAkker,JorisDeelen,JeanineJ.Houwing-Duistermaat,DennisKremer,SeyedYahyaAnvar,JeroenF.J.Laros,DavidJones,KeiranRaine,BenBlackburne,ShobhaPotluri,QuanLong,VictorGuryev,RuudvanderBreggen,RudiG.J.Westendorp,PeterA.C.‘tHoen,JohandenDunnen,GertJanB.vanOmmen,GonnekeWillemsen,StevenJ.Pitts,DavidR.Cox,ZeminNing,DorretI.Boomsma,andP.ElineSlagboom.AgingasAcceleratedAccumulationofSomaticVariants:Whole-GenomeSequencingofCentenarianandMiddle-AgedMonozygoticTwinPairs.TwinResearchandHumanGenetics.Vol.16,No.6.(December2013),pp.1026-1032,doi:10.1017/thg.2013.73. RoderickCSlieker,SteffanDBos,JelleJGoeman,JudithVMGBovée,RudolfPTalens,RuudvanderBreggen,HEkaDSuchiman,Eric-WubboLameijer,HeinPutter,ErikBvandenAkker,YanjuZhang,JWouterJukema,PElineSlagboom,IngridMeulenbelt,andBastiaanTHeijmans.Identificationandsystematicannotationoftissue-specificdifferentiallymethylatedregionsusingtheIllumina450karray.Epigenetics&Chromatin,2013,6:26. GihanDawelbait,ChristofWinter,YanjuZhang,ChrisitianPilarky,RobertGrtz-mann,Jrg-ChrisitanHeinrichandMichaelSchroeder.Structuraltemplatespredictnovelproteininteractionsandtargetsfrompancreastumourgeneexpressiondata.Bioinformatics,23:i115–24,2007.