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个人简介

教育背景 1992年9月-1997年7月 清华大学自动化系自动控制专业学习,获工学学士学位 1997年9月-2002年1月 清华大学自动化系检测技术及自动化装置专业学习,获工学博士学位 工作履历 2023年-今,清华大学自动化系,长聘教授 2007年-2022年,清华大学自动化系,副教授 2004年-2007年,美国南加州大学,博士后 2002年-2003年,香港科技大学,博士后 奖励与荣誉 2008年,清华大学教学成果一等奖 2008年,北京市教学成果一等奖 2009年,国家级教学成果二等奖 2013年,中国自动化学会自然科学奖二等奖

研究领域

基因测序数据分析:研究融合多种基因测序数据的深度学习模型,辨识细胞类型、构建细胞通讯网络,识别细胞通讯模式,预测细胞功能,构建人体跨器官细胞图谱,用于心血管疾病精准防控。 基因组深度学习:研究整合基因组序列与生物实验数据的自然语言处理方法,辨识基因调控元件,预测基因调控模式,构建基因调控网络。 医疗知识图谱构建:研究分析医学典籍、电子病历的自然语言处理方法,辨识医学词汇,抽取词汇间关系,构建医疗知识图谱。 医学影像智能分析:研究生物医学影像分析的深度学习方法,提取影像特征,理解影像内涵,建立基于医学影像的辅助诊断模型。

近期论文

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Wanwen Zeng et al, Compressing regulatory networks to vectors for interpreting gene expression and genetic variants, Nature Machine Intelligence, 2021, in press Qiao Liu et al, Simultaneous deep generative modeling and clustering of single cell genomic data, Nature Machine Intelligence, 2021, in press Shengquan Chen et al, OpenAnnotate: a web server to annotate the chromatin accessibility of genomic regions, Nucleic Acids Research, 2021, in press Shengquan Chen et al, DeepCAPE: a deep convolutional neural network for the accurate prediction of enhancers, Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 2021, in press Shengquan Chen et al, A reference-guided approach for epigenetic characterization of single cells, Nature Communications, 2021, 12:2177 Qiao Liu et al, Density estimation using deep generative neural networks, Proc Natl Acad Sci USA, 2021, 118(15): e2101344118 Wenran Li et al, A method for scoring the cell-type specific impacts of non-coding variants in personal genomes, Proc Natl Acad Sci USA, 2020, 117 (35): 21364-21372 Wanwen Zeng et al, SilencerDB: a comprehensive database of silencers, Nucleic Acids Research, 2020, 49(D1):D221-D228 Wanwen Zeng et al, DC3: Deconvolution and coupled clustering from bulk and single cell genomics data, Nature Communications, 2019, 10: 4613 Wenran Li et al, DeepTACT: predicting high-resolution chromatin contacts via bootstrapping deep learning, Nucleic Acids Research, 2019, 47(10): e60 Zehua Liu et al, Reconstructing cell cycle pseudo time-series via single-cell transcriptome data, Nature Communications, 2017, 8:22 Zhana Duren et al, Modeling gene regulation from paired expression and chromatin accessibility data, Proc Natl Acad Sci USA, 2017, 114(25): E4914-E4923 Feng Zeng et al, PyroHMMsnp: a SNP caller for Ion Torrent and 454 sequencing data, Nucleic Acids Research, 2013, 41(13):e136 Rui Jiang et al, Sequence-based prioritization of nonsynonymous single-nucleotide polymorphisms for the study of disease mutations, American Journal of Human Genetics, 2007, 81(2):346-360 Rui Jiang et al, Network motif identification in stochastic networks, Proc Natl Acad Sci USA, 2006, 103(25): 9404-9409

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