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个人简介

2000.09-2004.06 复旦大学 生命科学学院 学士 2004.09-2009.06 中国科学院上海药物研究所 博士 2009.10-2015.07 美国罗格斯大学Waksman研究所 博士后 2015.08-至今 中国科学院植物生理生态研究所,研究员/课题组长 2018年获得国家基金委“优秀青年基金”支持。相关研究成果以通讯作者或第一作者发表在Science, Nature, Cell, eLife, Nucleic Acid Research, JBC等国际期刊上。 研究工作 基因组中的遗传信息得以表达,需要RNA聚合酶进行转录。以DNA为模板合成RNA的转录过程不仅是基因表达第一步,还是基因表达的主要调控步骤。因此对RNA聚合酶分子机器结构、运行机理以及调控机制的研究能够回答基因表达精密调控的基础生物学问题。同时细菌之间RNA聚合酶非常保守,而细菌与人RNA聚合酶保守性较差,因此细菌RNA聚合酶是抗细菌药物的优良靶点,现有两类靶向细菌RNA聚合酶的临床使用抗生素--利福平(Rifamycins)与非达酶素(Fidaxomicin)。 本课题组围绕单亚基和多亚基的RNAP 分子机器为中心,探索转录的调控机制,同时以细菌的RNA聚合酶为靶点,开发新型的抗生素,本课题组结合生物化学、结构生物学以及微生物学等手段研究以下几方面内容: 1. 细菌RNA聚合酶转录起始分子机制 2. 转录起始因子调控细菌转录分子机制 3. 细菌转录与DNA修复关联的分子机制研究 4. 细菌RNA聚合酶转录终止分子机制 5. 新型RNA聚合酶转录调控蛋白的挖掘以及机制研究 6. 以细菌RNA聚合酶为靶点的新型抗生素发现 研究单元 中国科学院合成生物学重点实验室 相关新闻 2020届研究生会成员组成 2020.11.11 2021年分子植物卓越中心外招博士申请-考核制导师名单 2020.11.04 分子植物卓越中心张余研究组招聘博士后1名 2020.11.02 分子植物卓越中心三位博士生获得中国科学院大学2020年朱李月华优秀博士生奖学金 2020.10.16 分子植物卓越中心五名博士生获得中国科学院大学2020年院长奖学金 2020.10.15 分子植物卓越中心五名博士生荣获中国科学院大学2020年地奥奖学金 2020.10.15 张余研究组揭示细菌Class III转录激活机制 2020.09.29 中国共产党中国科学院分子植物科学卓越创新中心第一次代表大会召开 2020.09.11 枫林园区导师与专业 2020.08.13 中科院分子植物卓越中心2020年学术年会成功举行 2020.07.17

研究领域

基因转录结构生物学

近期论文

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1. JianPing Huang#, Chengli Fang#, Xiaoyan Ma#, Li Wang, Jing Yang, Jianying Luo, Yijun Yan, Yu Zhang*, Sheng-Xiong Huang*.Tropane alkaloids biosynthesis involves an unusual type III polyketide synthase and non-enzymatic condensation. Nature communications 2019. 10(1) :4036. doi: 10.1038/s41467-019-11987-z. 2. Linlin You, Jing Shi, Liqiang Shen, Lingting Li, Chengli Fang, Chengzhi Yu, Wenbo Cheng, Yu Feng*, Yu Zhang*. Structural basis for transcription antitermination at bacterial intrinsic terminator. Nature communications 2019. 10(1) :3048 3. Jing Shi#, Aijia Wen#, Minxing Zhao#, Linlin You, Yu Zhang, Yu Feng*, Structural basis of σ appropriation, Nucleic Acid Research, 2019.doi: 10.1093/nar/gkz682. 4. Jing Shi, Xiang Gao, Tongguan Tian, Zhaoyang Yu, Bo Gao, Aijia Wen, Linlin You, Shenghai Chang, Xing Zhang, Yu Zhang, Yu Feng*, Structural basis of Q-dependent transcription antitermination, Nature Communications, 2019, 10(1): 2925 5. Chengli Fang#, Lingting Li#, Liqiang Shen, Jing Shi, Sheng Wang*, Yu Feng*, Yu Zhang*. Structures and mechanism of transcription initiation by bacterial ECF factors. Nucleic Acids Research 2019. DOI: 10.1093/nar/gkz470. 6. Lingting Li#, Chengli Fang#, Ningning Zhuang, Tiantian Wang, Yu Zhang*. Structural basis for transcription initiation by bacterial ECF σ factors. Nature Communications 2019. 10(1) :1153 7. Irina O. Vvedenskaya#, Jeremy G. Bird#, Yuanchao Zhang#, Yu Zhang, Xinfu Jiao, Ivan Barvik, Libor Libor Krásny, Megerditch Kiledjian, Deanne M.Taylor, Richard H. Ebright*, Bryce E.Nickels*. CapZyme-Seq Comprehensively Defines Promoter-Sequence Determinants for RNA 5′ Capping with NAD+. Molecular Cell 2018. 70(3):553-564 8. Xiaoxian Wu#, Diane L. Haakonsen#, Allen G. Sanderlin, Yue J, Liu, Liqiang Shen, Ningning Zhuang, Michael T. Laub*, Yu Zhang*. Structural insights into the unique mechanism of transcription activation by Caulobacter crescentus GcrA. Nucleic Acids Research 2018. 46 (6): 3245-3256. 9. Xiaobiao Han#, Liqiang Shen#, Qijun Wang, Xufeng Cen, Jin Wang, Meng Wu, Peng Li, Wei Zhao*, Yu Zhang*, and Guoping Zhao*. Cyclic AMP inhibits the activity and promotes the acetylation of acetyl-CoA synthetase through competitive binding to the ATP/AMP pocket. Journal of Biological Chemistry 2017 292: 1374-1384. 10. Sonia I. Maffioli#, Yu Zhang#, David Degen#, Thomas Carzaniga, Giancarlo Del Gatto, Stefania Serina, Paolo Monciardini, Carlo Mazzetti, Paola Guglierame, Gianpaolo Candiani, Alina Iulia Chiriac, Giuseppe Facchetti, Petra Kaltofen, Hans-Georg Sahl, Gianni Dehò, Stefano Donadio*, and Richard H. Ebright*. Antibacterial nucleoside-analog inhibitor of bacterial RNA polymerase: pseudouridimycin. Cell 2017, 15;169(7):1240-1248.e23 11. Jeremy G. Bird#, Yu Zhang#, Yuan Tian, Natalya Panova, Ivan Barvík, Landon Greene, Min Liu, Brian Buckley, Libor Krásny, Jeehiun K. Lee, Craig D. Kaplan, Richard H. Ebright*, Bryce E. Nickels*. The mechanism of RNA 5' capping with NAD+, NADH, and desphospho-CoA. Nature 2016, 535(7612): 444-447. 12. Jared T Winkelman#, Irina O Vvedenskaya#, Yuanchao Zhang#, Yu Zhang#, Jeremy G Bird, Deanne M Taylor, Richard L Gourse, Richard H Ebright*, Bryce E Nickels*. Multiplexed protein-DNA cross-linking: Scrunching in transcription start site selection. Science 2016, 351(6277):1090-1093 13. Yu Zhang#, David Degen#, Mary X Ho#, Elena Sineva, Katherine Y Ebright, Yon W Ebright, Vladimir Mekler, Hanif Vahedian-Movahed, Yu Feng, Ruiheng Yin, Steve Tuske, Herbert Irschik, Rolf Jansen, Sonia Maffioli, Stefano Donadio, Eddy Arnold, Richard H Ebright*. GE23077 binds to the RNA polymerase “I” and “I+1” sites and prevents the binding of initiating nucleotides. Elife 2014, 3, e02450 14. Yu Zhang, Yu Feng, Sujoy Chatterjee, Steve Tuske, Mary X Ho, Eddy Arnold, Richard H Ebright*. Structural basis of transcription initiation. Science 2012, 338 (6110), 1076-1080

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