王永翠 - 中国科学院大学

个人简介

招生专业 0710J3-生物信息学招生方向分子调控网络构建，药物多组学数据分析，大数据医疗癌症基因组特征与临床特征关联，药物筛选教育背景 2005-09--2010-06 中国农业大学理学院理学博士 2001-09--2005-06 山东大学数学与系统科学学院理学学士工作简历 2013-12~2014-12,美国维克尔森林医学院, 博士后 2013-06~2013-12,美国国立卫生院癌症研究中心, 访问学者 2013-01~2013-06,美国堪萨斯大学, 访问学者 2010-07~2013-10,中国科学院西北高原生物研究所, 助理研究员 2005-09~2010-06,中国农业大学理学院, 理学博士 2001-09~2005-06,山东大学数学与系统科学学院, 理学学士专利成果（ 1 ）一种药物的长非编码RNA靶点预测方法和系统, 2020, 第 1 作者, 专利号: 201610542734.1 科研项目（ 1 ）药物基因组学数据的整合和深度学习模型与算法研究, 主持, 国家级, 2017-01--2020-12 （ 2 ）基于深度学习网络预测癌细胞对药物敏感度的计算模型和算法研究, 主持, 省级, 2016-01--2018-12 （ 3 ）基于最优化方法预测长非编码RNA调控基因和其致癌机制的计算模型和算法研究, 主持, 研究所（学校）, 2020-01--2021

近期论文

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（1） Associating divergent lncRNAs with target genes by integrating genome sequence, gene expressin, and chromatin accessibility, NAR Genomics and Bioinformatics, 2020, 第 1 作者（2） The clinical and molecular characterization of gastric cancer patients in Qinghai-Tibetan Plateau, Frontiers Oncology, 2020, 第 1 作者（3） Associating lncRNAs with small molecules via bilevel optimization reveals cancer-related lncRNAs, PLOS Computational Biology, 2019, 第 1 作者（4） Deep learning of the splicing (epi)genetic code reveals a novel candidate mechanism linking histone modifications to ESC fate decision, Nucleic Acids Research, 2017, 第 1 作者（5） Computational probing protein-protein interactions targeting small molecules, Bioinformatics, 2016, 第 1 作者（6） Integration of genomic data analysis for demonstrating potential targets in the subgroup populations of squamous cell lung cancer patients, Oncotarget, 2016, 第 1 作者（7） Inferences of drug responses in cancer cells from cancer genomic features and compound chemical and therapeutic properties, Scientific Reports, 2016, 第 1 作者（8） Matrix factorization reveals aging-specific co-expression gene modules in the fat and muscle tissues in nonhuman primates, Scientific Resports, 2016, 第 1 作者（9） Drug repositioning by kernel I ntegration molecular structure, molecular activity, and phenotype data, PLOS ONE, 2013, 第 1 作者（10） Computationally study drugs by integrating omics data with kernel methods, Molecular Informatics, 2013, 第 1 作者（11） Network predicting drug’s anatomical therapeutic chemical code., Bioinformatics, 2013, 第 1 作者（12） Interrogating noise in protein sequences from the perspective of protein-protein interactions prediction, Journal of Theoretical Biology, 2012, 第 1 作者（13） Support vector machine prediction of enzyme function with conjoint triad feature and hierarchical context., BMC Systems Biology, 2011, 第 1 作者（14） Kernel based data fusion improves the drug-protein interaction prediction, Computational Biology and Chemistry, 2011, 第 1 作者（15） Improving accuracy of protein-protein interaction prediction by considering the converse problem for sequence representation, BMC Bioninformatics, 2011, 第 2 作者（16） Prediction of enzyme subfamily class via pseudo amino acid composition by incorporating the conjoint triad feature., Protein & Peptide Letters, 2010, 第 1 作者（17） Sequence-based protein- protein interaction prediction via support vector machine., Journal of System Science and Complex, 2010, 第 1 作者（18） Computationally probing drug- protein interactions via support vector machine., Letters in Drug Design & Discovery, 2010, 第 1 作者（19） Prediction of posttranslational modification sites from sequences with kernel methods., Journal of Computational Chemistry, 2010, 第 2 作者（20） Prediction of palmitoylation sites using the composition of k-spaced amino acid pairs., Protein Engineering Design and Selection, 2009, 第 3 作者