个人简介
王栋，男，哈尔滨医科大学理学硕士，电子科技大学工学博士，以通讯作者和共同通讯作者发表SCI论文20多篇，其中影响因子大于10的10篇。研究成果连续发表在Nature Communications、Autophagy、Nucleic Acids Research等国际知名学术期刊。研究内容：1）构建了系列RNA相关数据资源与分析平台：MNDR、ncRDeathDB、RAID、RNALocate、ViRBase（Autophagy，2015；Nucleic Acids Research，2015，2017，2018），为RNA领域研究提供了广泛且全面的数据支持。2）较早提出非编码RNA的相互调控模式也可介导细胞凋亡、自噬信号通路间的交互过程，从而影响不同类型细胞死亡途径间的动态交互过程，这一认识为探索细胞信号途径之间的调控网络提供了新的思路（Autophagy, 2013, 2015）。2016年1月发表在Autophagy杂志上自噬研究领域的纲领性文献“Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy (3rd edition)”对自噬生物信息学相关工作进行了总结，包括了7个基于自噬蛋白的分析平台和研究工作，以及本课题组所开发的唯一一个基于非编码RNA相关的自噬分析平台和研究工作。3）在单细胞水平上系统地揭示自噬相关基因在胚胎与成体造血干细胞发生过程中的动态变化规律（Autophagy，2017，2018），识别造血干细胞发生过程中关键自噬相关基因，并挖掘其调控造血干细胞发生的分子机制，将为阐明哺乳动物造血干细胞的体内发生和特化、形成和维持的分子机制提供研究基础，给未来构建可应用于临床的造血干细胞的研究提供参照信息。本课题组在干细胞发育、非编码RNA与细胞自噬领域积累了较多研究基础，取得系列研究成果，形成了有特色的研究思路，具有较大潜力。
主持课题
序号
课题名称
项目来源
资助金额
起止年份
1
基于单细胞RNA深度测序解析自噬在胚胎造血干细胞发生中的功能及机制
国家自然科学基金
55
2018-2021
2
癌相关基因的系统性分子改变与高通量组学数据的标准化
国家自然科学基金
23
2012-2014
近期论文
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代表性著作/论文
1. Cui TY, Zhang L, Huang Y, Yi Y, Tan P, Zhao Y, Hu YF, Xu LY*, Li EM*, Wang D*. MNDR v2.0: an updated resource of ncRNA–disease associations in mammals. Nucleic Acids Research, 2018; 46: D371-4. (IF11.561)
2. Huang Y, Tan PW, Wang XS, Yi Y, Hu YF*, Wang D*, Wang F*. Transcriptomic insights into temporal expression pattern of autophagy genes during monocytic and granulocytic differentiation. Autophagy, 2018; 14(3): 558-9. (IF11.1)
3. Zhang ZY, Pi JN, Zou DL, Wang XS, Xu JY, Yu S, Zhang T, Li F, Zhao HL, Wang F, Ma YN*, Wang D*, Yu J*. Targets mediated microRNA arm-imbalance promotes gastric cancer progression. Nature Communications, 2018. Minor Revision. (IF12.353)
4. Zhao HM, Wang XS, Yi P, Si YM, Tan PW, He JR, Yu S, Ren Y, Ma YN, Zhang JW, Wang D*, Wang F*, Yu J*. KSRP specifies monocytic and granulocytic differentiation through regulating miR-129 biogenesis and RUNX1 expression. Nature Communications, 2017; 8(1): 1428. (IF12.353)
5. Hu YF, Huang Y, Yi Y, Wang HM, Liu B*, Yu J*, Wang D*. Single cell RNA sequencing highlights transcription activity of autophagy-related genes during haematopoietic stem cell formation in mouse embryos. Autophagy, 2017; 13(4): 770-1. (IF11.1)
6. Zhang T, Tan PW, Wang LQ, Jin NN, Li YN, Zhang L, Li CH, Qian K, Zhang CJ, Huang Y, Li KN*, Lin H*, Wang D*. RNALocate: a resource for RNA subcellular localizations. Nucleic Acids Research, 2017; 45: D135-8. (SCI, IF11.561)
7. Yi Y, Zhao Y, Li CH, Zhang L, Huang HY, Li YN, Liu LL, Hou P, Cui TY, Tan PW, Hu YF, Zhang T, Huang Y, Li XB*, Yu J*, Wang D*. RAID v2.0: an updated resource of RNA-associated interactions across organisms. Nucleic Acids Research, 2017; 45: D115-8. (IF11.561)
8. Wu D, Huang Y, Kang JJ, Li KN, Bi XM, Zhang T, Jin NN, Hu YF, Tan PW, Yi Y, Huang J, Li XB, Li X*, Xu JZ*, Wang D*. ncRDeathDB: a comprehensive bioinformatics resource for deciphering network organization of the ncRNA-mediated cell death system. Autophagy, 2015; 11(10): 1917-26. (IF11.1)
9. Li YH, Wang CL, Miao ZQ, Bi XM, Wu D, Jin NN, Wang LQ, Wu H, Qian K, Li CH, Zhang T, Zhang CR, Yi Y, Lai HY, Hu YF, Li KN*, Li X*, Wang D*. ViRBase: a resource for virus-host ncRNA-associated interactions. Nucleic Acids Research, 2015; 43: D578-82. (IF11.561)
10. Li YF, Wang YT, Hu YF, Wu Y, Wang D*, Xu JZ*. Connect the dots: a systems level approach for analyzing the miRNA-mediated cell death network. Autophagy, 2013; 9(3): 436-9. (IF11.1)
学术兼职
中国计算机学会生物信息学专业组委员
中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专业委员会委员
中国运筹学会分子系统生物学分会委员
京公网安备 11010802027423号